Precis som sprawl säger så har det nog inget att göra emd om man har Java Virtual MAchine installerat eller ej. IE har en scriptengine för javascript (eller egentligen för jscript, som är MS egna variant) så det ska vara lugnt.

Kan det vara så att du har installerat uppdateringar för IE, kanske någon av dessa förhindrar popup-fönster (det ska de inte göra eftersom du gör ett aktivt val, men kan vara bra att undersöka).