Japp, den lägger jag dit men den raderas vid varje omstart av boxen.

Jag hittade dock felet efter en stund när jag hade gått igenom init.d scripten. I scriptet bootup finns ett kommando som säger:
tar xzf /etc/var.tar.gz -C /

vilket innebär att en ny version av /var skapas varje omstart. Så buy, buy /var/keys.....

Kul va?!?

Genom att göra den raden till en anteckning så är det fixat.