Den loggfilen ser lite mysko ut. Den pratar bl.a. om två kortläsare, en intern och en på /dev/ttyS0. Du har väl bara en kortläsare i dina config-filer?
Är du säker på att den läser rätt config-filer? Kolla om det finns fler på något annat ställe.

Sedan vad gäller "0 characters found in ATR" så verkar det som den har problem att läsa kortet. Har du vänt det åt rätt håll?