Dvblogic verkar ha en väldigt bra produkt för detta:
http://dvblogic.com/en/software/windows-pc/

Kostar typ 300:- för en fullversion.

Gratis så finns mediaportal men jag upplever det fortfarande lite "buggigt" vid senaste 1.5.0 releasen, särskilt om man testar lite olika inställningar.
http://www.team-mediaportal.com/

MVH