Det här verkar inte så lätt att lösa...
Vilken version av Linux har du på din Raspberry Pi? Är det Raspbian?

Om du stoppar alla ntpd processer och sedan startar ntpd med:
/etc/init.d/ntp start
och sedan väntar några minuter. Kommer inte ntp igång då?

Om inte, kolla att du kan pinga de ntp-servrar du har i ntp.conf.
Kolla också i loggarna /var/log/messages och /var/log/syslog om ntpd slänger ur sig några felmeddelanden.